Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs
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چکیده
ion mathématique du problème. Dans le cadre de l’étude des réarrangements génomiques, les génomes sont vus comme des suites de gènes (ou blocs de synténie) dont chacun porte un numéro. La distance entre les gènes et leur contenu sont oubliés. On ajoute souvent un signe à ce numéro suivant le brin d’ADN par lequel est porté le gène. Les numéros sont donnés généralement entre 1 et n si n est le nombre de gènes différents. Si le génome ne possède pas de gène dupliqué, alors le génome est représenté par une permutation. La plupart du temps, lorsque l’on étudie deux génomes, les génomes sont renumérotés afin que l’un des deux soit la permutation identité, c’est-à-dire la suite 1, . . . , n. On parlera de permutation identité positive pour désigner +1, . . . ,+n, et de permutation identité négative pour désigner -n, . . . , -1. On notera le plus souvent dans le document πs pour désigner une permutation signée (dont chaque gène porte un signe) et πu pour désigner une permutation non signée. Si un gène est dupliqué alors le même numéro apparâıt plusieurs fois. On parlera alors de séquence pour représenter un génome. Le choix de la représentation dépend de la présence ou non de gènes dupliqués et a une incidence directe sur les méthodes mises en œuvre pour le calcul. Une notion importante dans les permutations est le point de cassure [8, 98]. Il existe un point de cassure dans la permutation initiale entre deux gènes si l’adjacence n’est pas retrouvée dans le génome cible. Dans le cas des permutations signées, il faudra que les signes soient inversés si les gènes sont renversés. Un exemple est donné Figure 1.8 ou Figure 1.18.
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Tâ ÇÉÅ wx W|xâ Revue des Études de la Langue Française Revue semestrielle de la Faculté des Langues Étrangères de l'Université d'Ispahan Cinquième année, N° 8 Printemps-Eté 2013, ISSN 2008- 6571 ISSN électronique 2322-469X Cette revue est indexée dans: Ulrichsweb: global serials directory http://ulrichsweb.serialssolutions.com Doaj: Directory of Open Access Journals http://www.doaj.org ...
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